A fines de enero de 1969, los Beatles grabaron varias versiones de «Let It Be» en los Twickenham Studios con la idea de usarlas en una película documental también llamada «Let It Be». Luego, el 31 de enero, volvieron a grabar la composición de Paul McCartney en Apple Studios en un intento de obtener una versión final.
El 30 de abril de 1969, George Harrison agregó un solo de guitarra grabado a través de un parlante rotativo Leslie, y esa versión terminó siendo elegida para ser producida por George Martin y ser lanzada como single el 6 de marzo del año siguiente. En 1970, McCartney volvió para agregar aún más elementos a la canción y Harrison aportó un solo completamente diferente.
Realmente, todo el proyecto siguió un largo y sinuoso camino. El ingeniero Glyn Johns produjo un par de acetatos del álbum «Let It Be» con un orden diferente de las canciones para que los Beatles decidieran. Ambos fueron rechazados. A principios de 1970, John Lennon le había entregado las cintas a Phil Spector, quien recientemente había producido su single «Instant Karma». Eso fue solo unas semanas antes del estreno la película «Let It Be».
La canción incluida en el álbum «Let It Be» terminó con aún más contribuciones de Spector. «Aproximadamente 18 meses más tarde, después de que la banda se había separado, John decidió que tomaría las cintas y se las entregaría a Phil Spector y haría un álbum para las cintas que había grabado… que básicamente eran todas cintas del ensayo», dijo Johns más tarde en declaraciones a Yahoo!. «Phil Spector lo convirtió en esta mierda azucarada y almibarada con cuerdas y coros por todas partes».
Johns admitió ante Rolling Stone que prefería su propia mezcla más escueta de la canción, antes de que «Spector vomitara sobre ella». Al final, Spector parecía saber a lo que se enfrentaba: «Si es una mierda, me echarán la culpa», señaló. «Si es un éxito, son los Beatles».
«Let It Be» fue la última canción grabada para el proyecto. Inspirada por Aretha Franklin, McCartney comenzó a escribirla al final de las sesiones del álbum. A fines de enero de 1969, todavía le faltaba un tercer verso. La versión de «Let It Be» con el grupo completo fue grabada el 31 de enero, siendo la última versión del último día de sesiones en Apple. Para entonces, los Beatles habían escuchado más de 300 canciones diferentes, sin incluir zapadas sin forma.
«Let It Be» también fue la última canción lanzada por los Beatles antes de que su disolución se hiciera oficial. El siguiente single de su último álbum, «The Long and Winding Road», llegaría dos meses después.
Desde el principio, «Let It Be» fue malinterpretada como una declaración religiosa, dada la referencia de McCartney a «Mother Mary». Pero se refería a su propia madre en lugar de a la Virgen María de la tradición cristiana. Mary McCartney murió cuando Paul era apenas un adolescente, y él a menudo sentía su presencia reconfortante en momentos de crisis.
Estos recuerdos dolorosos de la infancia llevaron a McCartney a centrarse más intensamente en la música; También proporcionaron una base para su amistad con Lennon, quien perdió a su propia madre en un accidente de tránsito. «Eso se convirtió en un gran vínculo entre John y yo», dijo McCartney en el documental de la Antología de los Beatles. «Ambos tuvimos esta agitación emocional con la que tuvimos que lidiar y, siendo adolescentes, tuvimos que lidiar con ella muy rápidamente».
Con todo lo que estaba sucediendo, McCartney admitió haberse apoyado en las drogas como una muleta emocional.
«Estaba pasando por un momento realmente difícil alrededor del otoño (boreal) de 1968», recordó McCartney en el libro de Marlo Thomas, «The Right Words at the Right Time». «Ya estaba muy avanzada la carrera de The Beatles y habíamos empezado a hacer un álbum nuevo, una continuación del White Album. Como grupo, empezábamos a tener problemas. Creo que tenía la sensación de que The Beatles iba a disolverse, así que me quedaba despierto de madrugada, bebiendo, tomando drogas, yendo a bares, como era común entre mucha gente de entonces. Sin duda, vivía y jugaba fuerte».
«Creo que la gente estaba exagerando en el uso de sustancias, ciertamente lo estábamos», dijo McCartney al Salt Lake Tribune en 2011. «Era algo común. Era la moda, y cualquiera que recuerde ese momento lo sabrá. Y creo que me estaba poniendo un poco exagerado con todo el asunto: me estaba cansando bastante y estaba bastante intoxicado. Y me fui a la cama una noche y tuve una especie de noche inquieta».
“En un sueño vi a mi madre, que llevaba muerta unos 10 años”, dijo McCartney a Barry Miles en la biografía autorizada «Many Years From Now». “Fue fantástico verla, porque eso es lo maravilloso que tienen los sueños: te reúnes de verdad con esa persona durante un segundo; está ahí y parecen estar físicamente juntos de nuevo. Fue maravilloso para mí y ella fue muy tranquilizadora. En el sueño me dijo: ‘Todo irá bien’. No estoy seguro de si usó las palabras ‘Déjalo ser’ [Let it be], pero esa era la esencia de su consejo. Era: ‘No te preocupes demasiado, todo va a salir bien’. Fue un sueño tan placentero que me desperté pensando ‘Oh, ha sido estupendo poder hablar con ella otra vez’. Me sentí muy bendecido por haber tenido aquel sueño. Eso me hizo escribir la canción ‘Let It Be’. Literalmente comencé con ‘Madre María’, que era su nombre, ‘cuando me encuentro en tiempos problemáticos’, en los que ciertamente me encontraba».
El single «Let It Be» fue certificado doble platino en los Estados Unidos, ayudando al éxito del álbum tanto en ese país como en el Reino Unido. McCartney finalmente llegó a un acuerdo con las piadosas interpretaciones de la canción, a pesar de su significado profundamente personal.
«La Madre María lo convierte en algo casi religioso, así que puedes tomarlo de esa manera, no me importa», dijo McCartney a Miles. «Estoy bastante contento si la gente quiere usarlo para apuntalar su fe. No tengo ningún problema con eso. Creo que es algo grandioso tener fe de cualquier tipo, particularmente en el mundo en que vivimos».
La versión única de «Let It Be» también incluyó la única contribución conocida de Linda McCartney en una canción de los Beatles; cantando coros. “La canción es una de las primeras cosas que Linda y yo hicimos juntos musicalmente”, recordó el Beatle. “Solo pensé ‘Oh, estaría bien probar un armonía’. Aunque Linda no era una cantante profesional, la había escuchado cantar por la casa y sabía que podía mantener una nota y cantar tan agudo. Así que lo intentó y funcionó y quedó en la grabación. Puede escucharse a día de hoy”. Más tarde, McCartney formaría Wings, su banda posterior a los Beatles, con Linda y Denny Laine de The Moody Blues.